一、查询的准确性无法得到绝对的保障。
任何国家与机构都不保证查询的绝对准确性，造成这种情况的原因主要是供查询的档案不够完备、不够准确和检索人员对官方关于近似的审查尺度把握不准确等等。
二、从查询的范围上看，某些国家只能查文字及数字商标，不能查图形商标。
相对说来，文字商标及数字的查询比较简单，而图形商标的查询工作量大且难度较高，使得部分国家不接受关于图形商标的查询。这就造成了图形商标申请的成功率不是很高。
三、新提交的申请要经过一段时间才能供人查询。
新提交的申请通常要等数星期才能获得官方的收据。因此，会有一部分提交不久的申请无法通过查询查出，而在这部分申请中就可能存在对查询人所要提交的申请构成障碍。
四、要求优先权的申请可能对查询之后提交的申请构成障碍。
《巴黎公约》规定，任何《巴黎公约》成员国的申请人在向某一成员国提交代理申请商标注册申请后的六个月内，都可以在向另一成员国提交同一商标的注册申请时要求优先权，即将其第一次申请的日期作为申请日期。因此，有的商标申请可以通过要求优先权获得一个较早的申请时期，从而可能对实际提交日期在前的商标申请构成障碍，由于这种情况的不能预知性，商标查询也就无能为力。
由于商标查询存在以上局限，因此，任何查询结果都只能作为一种参考，不能作为法律依据要求代理申请商标注册当局或查询代理人承担责任。不过，任何事物都是有利有弊的，尽管存在许多局限，商标查询的用处仍是不能否认的。
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